简短回答
不能用科学代替宗教，因为两者回答的是不同的问题。科学解释事物如何运作，而且做得极好。它不能说明为什么会有任何事物存在，我们为何在此，或者我们应当做什么。有些人认为只有科学才能给出真理。这条规则本身无法由科学证明，因为它不是任何实验室发现的。科学还会自我修正，所以它的结论只是暂时成立，直到有更好的出现。爱因斯坦改进了牛顿，而一块著名的化石皮尔当人被证明是伪造的。《古兰经》告诉人们把创造当作迹象来研究，并祈求增加知识。所以穆斯林可以既热爱科学，又热爱启示。科学告诉我们世界如何运作。启示告诉我们世界为何存在，以及应当如何生活。自启示完成以来，它的答案从未改变。
完整解释
科学告诉我们如何，而不是为何或应当做什么
科学可以告诉医生如何无痛地结束一个生命。它不能告诉他是否应当这样做。获得诺贝尔奖的英国生物学家彼得·梅达沃也看到了局限。他说，科学不能回答关于最初和最终之事的问题，例如万物如何开始、我们为何在此。
一位诺贝尔奖得主生物学家论证说，科学是理解自然界最成功的方法，但它有其局限：它不能回答关于最初和最终之事的问题，例如万物如何开始、我们为何在此、活着的意义是什么。
只有科学能给人知识的主张
20世纪的英国哲学家伯特兰·罗素直白地表述了这种观点：科学无法发现的，人类就无法知道。但这句话不是科学的发现。没有任何实验检验过它。它是一种关于科学的信念，是凭信任持有的。
这位哲学家提出一种观点：凡是可以获得的知识，都必须通过科学方法获得；科学无法发现的，人类就无法知道。
一个时代最好的科学，被下一个时代修正
一千多年来，学术界都遵循托勒密的宇宙图景，以地球为中心。托勒密是2世纪的希腊天文学家。后来哥白尼（1543年）、开普勒和伽利略把太阳放在了中心。人们长期相信，微小的生物会从腐烂的物质中自行产生。就微生物而言，路易·巴斯德在1860年代的实验对推翻这一观念贡献最大。一些顶尖的天文学家认为宇宙没有开端。1965年，人们发现了宇宙炽热早期状态的余晖，此后大多数人放弃了那个观点。爱因斯坦表明，牛顿的引力理论非常接近真理，但并不精确。1887年，一项探测以太（一种曾被认为传播光的看不见的物质）的实验一无所获。在爱因斯坦1905年的工作之后，物理学放弃了以太。阿尔弗雷德·魏格纳在1912年提出大陆会移动，却被拒绝了大约五十年。后来1960年代板块构造（地球巨大板块的缓慢移动）的证据表明他在原则上是对的。皮尔当人被许多人接受了大约四十年，才被揭穿是伪造的。医生们一直把溃疡归咎于压力，直到有人证明大多数溃疡是由一种细菌引起的。在每一个案例中，都是科学自己发现了自己的错误，这是它值得称道的地方。但这表明，它的结论只是暂时成立的。
提出一个以太阳而非地球为中心的宇宙模型，取代学术界遵循了一千多年的托勒密地心图景。
报告了一些实验：煮沸的肉汤在隔绝空气中的微生物时，就一直没有微生物。这是反驳微生物会从无生命物质中自行产生这一古老信念的证据。
报告了一个4080兆周的微弱而稳定的无线电信号，它从天空各个方向均匀而来，他们无法把它归因于自己的设备。它被认定为宇宙微波背景辐射，即炽热早期宇宙的余晖，并使他们获得1978年诺贝尔物理学奖。
表明广义相对论能够解释水星轨道的缓慢偏移，而牛顿的引力理论无法完全解释这一点。
报告了一项精确的实验，旨在探测地球穿过以太的运动；当时人们认为以太是光传播的介质。实验没有发现这种效应。
提出大陆不是固定不动的，而是随着时间漂移分开，依据是各大陆海岸线的吻合，以及大洋两岸相互对应的岩石和化石。几十年来，大多数地质学家都拒绝这一观点，主要是因为当时不知道有什么力量能够移动大陆。
把洋中脊两侧岩石的条带状磁性图案解释为：在地球磁场反转的同时，新的海底从洋脊向外扩张。这是1960年代确立板块构造理论（地壳中移动的板块）的关键发现之一，从而在原则上证明了大陆漂移说是正确的。
表明皮尔当颌骨是一块现代猿类的颌骨，经过染色和锉磨，看起来很古老，这一发现是蓄意伪造的。它指出，这些大约四十年前报道的遗骸，在这段时间里一直被当作真化石来讨论；参与发掘的那些著名古生物学家和考古学家，都是一场极其精心策划的骗局的受害者。
把奖项授予巴里·马歇尔和罗宾·沃伦，表彰他们发现幽门螺杆菌及其在胃炎和消化性溃疡中的作用，推翻了长期以来认为溃疡由压力和生活方式引起的观点。
一部要求知识的迹象之书
最早降示给先知穆罕默德(ﷺ)的话，就是叫他宣读。这些话还讲到真主(﷾)用笔施教。《古兰经》称创造为对有理智的人的迹象。它告诉信士祈求增加知识。它应许在四方和人们自身中显示更多的迹象。它也使信士保持谦卑：人们所获得的只是很少的知识。《古兰经》是一部迹象之书，而不是科学教科书。所以穆斯林不应让某节经文依赖于当时的理论。理论有兴有衰，而这部经典始终保持降示时的原样。
“你应当奉你的创造主的名义而宣读，他曾用血块创造人。你应当宣读，你的主是最尊严的，他曾教人用笔写字，他曾教人知道自己所不知道的东西。”
“天地的创造，昼夜的轮流，在有理智的人看来，此中确有许多迹象。他们站着、坐着，躺着记念安拉，并思维天地的创造，（他们说）：我们的主啊！你没有徒然地创造这个世界。我们赞颂你超绝万物，求你保护我们，免受火狱的刑罚。”
“安拉是超绝万物，宰制众生，体用真实的。对你启示《古兰经》还没有完全的时候，你不要急忙诵读。你说：“我的主啊！求你增加我的知识。””
“我将在四方和在他们自身中，把我的许多迹象昭示他们，直到他们明白《古兰经》确是真理。难道你的主能见证万物还不够吗？”
“他们问你精神是什么？你说：“精神是我的主的机密。”你们只获得很少的知识。”
今世的技艺与启示是分开的
先知(ﷺ)有一次对给椰枣树授粉的事随口发表了看法，结果收成减少了。他告诉农夫们，他们更清楚自己今世的事务。只有他转达自真主(﷾)的话才有约束力。穆斯林学者后来仔细地研究自然。11世纪，穆斯林科学家伊本·海赛木用实验检验关于光的理论，并列出了托勒密的错误。
泰勒哈传述，先知(ﷺ)经过一些正在用手给椰枣树授粉的人，说他认为这样做没有用处。他们就停止了，结果收成减少。先知于是说，如果这样做有益，他们就应当去做，因为那只是他自己的看法；但当他把来自安拉的事告诉他们时，他们必须遵从，因为他绝不会假借安拉说任何虚假的话。
艾奈斯和阿伊莎传述了同一件事：椰枣收成减少之后，先知(ﷺ)对农夫们说，他们更清楚自己今世的事务。
伊本·海赛木《光学之书》（《视学书》，11世纪初）第一至第三卷的英译与研究。书中表明，他通过有控制的观察和实验来检验关于光和视觉的理论。
伊本·海赛木对托勒密这位古代世界最受尊崇的天文学家的批评。他列出托勒密著作中的矛盾和薄弱之处，并主张即使是最伟大的权威也必须受到检验。
不同观点
唯科学主义
科学是通往知识的唯一可靠道路。凡是科学无法发现的，就无法被知道。
凡是可以获得的知识，都必须通过科学方法获得；科学无法发现的，人类就无法知道。
反驳
科学教给了我们许多东西，但这条规则并不是科学发现的。梅达沃说，科学不能告诉我们为何在此，也不能告诉我们生命是为了什么。它也不能告诉我们应当做什么。在回答事物如何运作方面的出色记录，并不能改变这一点。
印度教：宗教是一门灵性的科学
辨喜尊者在1893年的世界宗教议会上说，吠陀不是一本书，而是属灵的法则。他说，这些法则是由智者发现的，正如万有引力定律被发现一样。按照这种观点，宗教和科学是两门科学：一门关于灵，一门关于物质。
吠陀是不同的人在不同的时代所发现的属灵法则。它们在被发现之前就已存在，正如万有引力定律一样。
反驳
任何人都可以检验万有引力定律；却没有人能以同样的方式检验前世。而且《梨俱吠陀》自己就问到创造：谁真正知道它从何而生？它说，众神是后来才有的。关于幽玄的知识，必须来自创造它的那一位。《古兰经》宣称来自他，并邀请人检验：假若它不是安拉所启示的，他们必定发现其中有许多差别。
佛教：自己去检验
许多佛教徒说，他们的道路是最科学的宗教。佛陀告诉卡拉玛人，不要依据传承或经典，而要自己去知道。
佛陀告诉卡拉玛人，不要依据传承或经典，而要自己去知道。所以佛教符合科学的精神。
反驳
同一份清单也告诫人不要只依靠逻辑和推理，所以它并不是科学的方法。而且它的核心教导无法用实验检验：轮回，以及行为在其他生命中的果报。《古兰经》要求人先审查它，并提出了自己的检验：仔细地研究它，并拟作像它那样的一章。
神道教：习俗，而不是教义
大多数日本人说自己没有宗教，然而许多人每年都去神社参拜。神道教要求的是实践，而不是信仰，所以它从不与科学竞争。科学解释世界，参拜神社则是习俗和感恩。
参拜神社是习俗和情感的事，而不是信仰的事，所以它从不与科学冲突。
反驳
科学可以解释太阳如何发光，却不能解释我们应当为此感谢谁。一位获得诺贝尔奖的生物学家写道，科学不能说明我们为何在此。参拜神社在从未提出这个问题的情况下就回答了它。《古兰经》明白地提出了这个问题：不要向日月叩头，而要向创造日月的安拉(﷾)叩头。
道家：遵循自然之道
《道德经》教导说：人法地，地法天，天法道。遵循自然就是智慧，此外不需要任何启示的律法。
人法地，地法天，天法道。所以自然本身就是向导。
反驳
伊斯兰教同意自然有法则，并且应当加以研究。《古兰经》称创造为对有理智的人的一系列迹象。但自然法则说的是东西如何落下，而不是人应当如何彼此相待。而且《道德经》自己也说，天之道不言。《古兰经》说，研究这些迹象的人最终会说：我们的主啊，你没有徒然地创造这个世界。
儒家：守住可知之事
孔子不语怪、力、乱、神。他教导说：知之为知之，不知为不知，是知也。明智的人守住可以知道的事。
知之为知之，不知为不知，是知也。而鬼神在这种知识之外。
反驳
承认自己不知道的事是明智的。但这并不能表明再没有别的可以知道。孔子自己就畏天命。而一位获得诺贝尔奖的生物学家写道，科学不能说明我们为何在此。《古兰经》回答了这个问题，并要求接受检验：假若它不是安拉所启示的，人们必定发现其中有许多差别。
中国传统：知识靠科学，家庭靠习俗
在中国，很少有人说自己属于某个宗教，他们相信科学能解释世界。家庭习俗，例如照料祖先的坟墓，是作为文化保留下来的，而不是作为关于世界的主张。
科学解释世界；家庭习俗是文化，而不是关于世界的主张。
反驳
然而许多人在寺庙里祈求财富和好运。这就预设了有某一位能听见他们，并能赐予。科学无法检验这一点，而一位获得诺贝尔奖的生物学家写道，科学不能说明我们为何在此。《古兰经》回答了这两个问题：如果安拉(﷾)降一点灾害于你，除他之外，绝无能解除的；也没有任何人能阻拦他的恩惠。
伊斯兰的观点
科学和启示不是对手。科学显示创造如何运作，启示告诉我们它为何存在、以及应当如何生活。先知(ﷺ)自己就把今世的技艺与来自真主(﷾)的东西分开了。
只有科学能给人知识这一主张，无法由科学证明。所以它是一种关于科学的信念，而不是科学的发现。
一位获得诺贝尔奖的科学家指出了科学无法回答的三个问题：万物如何开始，我们为何在此，以及生命是为了什么。
科学结论是会改变的。托勒密以地球为中心的宇宙、生命从无生命物质中自行产生、稳恒态宇宙，以及牛顿精确的定律，都被修正了。以太、固定不动的大陆、皮尔当人，以及压力导致溃疡的观念，也是如此。
《古兰经》称创造为一系列迹象。它告诉信士研究它，并向真主(﷾)祈求增加知识。
先知(ﷺ)把他对农事的个人看法，与他转达自真主(﷾)的话区分开来。
启示回答了世界为何存在、我们应当如何生活这些科学所达不到的问题。