简短回答
《古兰经》9:5是针对当时与先知穆罕默德(ﷺ)交战的阿拉伯拜偶像部落而降示的。其中许多部落背弃了盟约，并首先发动进攻。它没有提到犹太人、基督徒或泛指的不信者。这一章开头宣布解除盟约，并给多神教徒四个月的期限，让他们自由往来。它豁免了每一个守约的部落，并说要把那些盟约遵守到底。它给出了作战的理由：他们违背了誓约，并首先进攻。紧接着的下一节经文保护敌人：任何请求保护的多神教徒都必须得到保护，让他听到真主(﷾)的言语，并护送他到安全的地方。只引9:5而不引9:6，就漏掉了这道命令的一半。伊斯兰教的回答是：9:5是先知(ﷺ)时代针对一场战争的律例，受种种限制约束，并保护守信的人。它并不给今天的任何个人或团体攻击任何人的权利。在伊斯兰教法中，战争只属于国家的统治者，而穆斯林遵守他们所居住的任何国家的法律（17:34）。
完整解释
批评者所引的经文
在9:5中，先知(ﷺ)时代的穆斯林被告知，禁月一过，就要与同他们交战的多神教部落作战。伊本·凯西尔转述早期学者的话说，这就是第2节所宣布的四个月自由往来期。多神教徒（mushrikun，在真主(﷾)之外崇拜别的东西的人）指的是阿拉伯的拜偶像者。这节经文最后释放任何接受伊斯兰教的人：如果他们悔过自新，谨守拜功，完纳天课，就必须放走他们。下一节经文给出了第二条出路：任何多神教徒，不必皈依，只要请求，就给予安全通行。
“当禁月逝去的时候，你们在哪里发现以物配主者，就在哪里杀戮他们，俘虏他们，围攻他们，在各个要隘侦候他们。如果他们悔过自新，谨守拜功，完纳天课，你们就放走他们。安拉确是至赦的，确是至慈的。”
这节经文说的是谁
这一章以一篇宣言（bara'a，即解除）开头，宣布解除与多神教徒的盟约。它给他们四个月的期限，让他们自由往来。然后它豁免了每一个守约的部落，并命令穆斯林把那些盟约遵守到期满。它给出了这场战争的理由：一个违背誓约、图谋驱逐先知(ﷺ)、并首先进攻的敌人。这段经文根本没有提到犹太人或基督徒。关于信奉天经的人（犹太人和基督徒）的经文9:29在后面，另有专页。学者们对9:5的命令在那场战争之后适用到什么程度有不同意见。但古典教法学家只把战争交给国家的统治者，从不交给个人，并要求穆斯林遵守每一项盟约和每一个安全保证。这段经文本身对守信的人守信，并给予任何请求的敌人安全通行。
“（这是）一篇解除盟约的宣言，从安拉及其使者传示那些曾与你们缔约的以物配主者。”
“（以物配主者啊！）你们可以在地面上漫游四个月，你们须知自己不能逃避安拉的谴责，（须知）安拉是要凌辱不信道者的。”
“但以物配主的人们中曾与你们缔结盟约，而没有任何违背，也没有资助任何敌人者，你们应当遵守与他们缔结的盟约，直到满期。安拉确是喜爱敬畏者的。”
“有一族人已经违反盟约，要想驱逐先知，而且首先进攻你们。你们怎么还不讨伐他们呢？难道你们畏惧他们吗？安拉是你们更应当畏惧的，如果你们确是信士。”
罕百里学派法学家伊本·古达玛认为，吉哈德之事交由统治者（伊玛目）及其判断决定，人们在这件事上必须服从他。他只提出一个例外：如果敌人突然袭击，来不及请示统治者，人们可以不经他许可而自卫。他还认为，一个在安全保证（阿曼）下进入非穆斯林土地的穆斯林，不得背叛那里的人，也不得拿取他们的财产，因为给予他安全的前提是他不会背叛他们，即使这一点没有用言语说出来。
9:1-2
与多神教徒的盟约终止，给予四个月的期限，让他们自由往来。
9:4
凡遵守盟约的部落都不在此列；要把那些盟约履行到期满。
9:5
四个月期满后，与交战中的多神教部落作战；放过任何悔过的人。
9:6
他们中任何请求保护的人：给他保护，让他听安拉(﷾)的言语，再护送他到安全的地方。
9:13
原因是：他们背弃了盟誓，图谋驱逐先知(ﷺ)，并且先发动了攻击。
下一节经文：保护和安全护送
紧接着9:5的，是一道保护敌人的命令。任何请求保护的多神教徒都必须得到保护，好让他能听到《古兰经》。然后必须把他送到他安全的地方。一节命令杀死所有不信者的经文，后面不会紧跟着这样的话。
“以物配主者当中如果有人求你保护，你应当保护他，直到他听到安拉的言语，然后把他送到安全的地方。这是因为他们是无知的民众。”
约束一切战争的限度
伊斯兰教中的一切作战，都受不可过分这一命令的约束。先知(ﷺ)禁止杀害妇女和儿童。他警告说，谁杀害了与穆斯林订有盟约的人，谁就闻不到乐园的香气。只有国家的统治者才可以宣战，个人或团体绝不可以。一个在某个国家受其保护而生活的穆斯林，不得背叛那里的人。《古兰经》命令他履行每一项诺言，所以穆斯林遵守他们所居住的任何国家的法律（17:34）。完整的战争法，以及关于信奉天经的人的另一节经文9:29，在各自的页面上阐述。
“你们当为主道而抵抗进攻你们的人，你们不要过分，因为安拉必定不喜爱过分者。”
伊本·欧麦尔传述，在先知(ﷺ)的一次出征中，人们发现一个妇女被杀，先知便禁止杀害妇女和儿童。
阿卜杜拉·本·阿慕尔传述，先知(ﷺ)说，谁杀害了与穆斯林订有盟约的人，谁就闻不到乐园的香气，虽然乐园的香气在四十年路程之外就能闻到。
罕百里学派法学家伊本·古达玛认为，吉哈德之事交由统治者（伊玛目）及其判断决定，人们在这件事上必须服从他。他只提出一个例外：如果敌人突然袭击，来不及请示统治者，人们可以不经他许可而自卫。他还认为，一个在安全保证（阿曼）下进入非穆斯林土地的穆斯林，不得背叛那里的人，也不得拿取他们的财产，因为给予他安全的前提是他不会背叛他们，即使这一点没有用言语说出来。
“你们不要接近孤儿的财产，除非依照最优良的方式，直到他成年。你们应当履行诺言；诺言确是要被审问的事。”
逐节回答
古兰经 9:5 — 第9章（忏悔），第5节
“当禁月逝去的时候，你们在哪里发现以物配主者，就在哪里杀戮他们，俘虏他们，围攻他们，在各个要隘侦候他们。如果他们悔过自新，谨守拜功，完纳天课，你们就放走他们。安拉确是至赦的，确是至慈的。”
引用目的
批评者说，这节经文告诉穆斯林在哪里发现多神教徒就在哪里杀戮他们，所以它命令杀死不信者。
回应
就在它前面的那节经文豁免了守约的部落。八节之后，敌人被指明了：就是那些违背誓约、并首先进攻的人。紧接着的下一节经文命令，任何请求保护的多神教徒都要受到保护，并被护送到安全的地方。
结论 — 这段经文把9:5指向与先知(ﷺ)交战的阿拉伯拜偶像者。它保护守信的人和任何请求保护的敌人。所以这节经文不是针对所有不信者的命令。
古兰经 9:5 — 第9章（忏悔），第5节
“当禁月逝去的时候，你们在哪里发现以物配主者，就在哪里杀戮他们，俘虏他们，围攻他们，在各个要隘侦候他们。如果他们悔过自新，谨守拜功，完纳天课，你们就放走他们。安拉确是至赦的，确是至慈的。”
引用目的
批评者说，这节经文只在多神教徒悔过、礼拜和完纳天课时才放过他们，所以这是在伊斯兰教和刀剑之间二选一。
回应
要与之作战的敌人在9:13中被指明：就是那些违背誓约、并首先进攻的人。守约的部落被豁免，穆斯林必须把那些盟约遵守到期满（9:4）。请求保护的敌人受到保护，并被护送到安全的地方，并不要求他皈依（9:6）。
结论 — 放在它所在的段落中来读，这节经文针对的是一个交战中的敌人，而不是每一个不愿皈依的人。学者们对9:5的命令在那场战争之后适用到什么程度有不同意见，但古典教法学家只把战争交给国家的统治者。这段经文本身给了守约者以及任何请求保护的敌人一条伊斯兰教或刀剑之外的路。
不同观点
伊斯兰的观点
《古兰经》9:5是在一场战争中降示的，那是先知(ﷺ)时代针对阿拉伯拜偶像者的战争。其中许多人背弃了盟约，并首先进攻。同一段经文保护守信的人，并给予任何请求的敌人安全通行。先知(ﷺ)还为一切作战设定了严格的限度。
这一章是对与穆斯林订有盟约的多神教徒说的。它在任何作战之前给了他们四个月的自由往来期。
守约的多神教部落被豁免，穆斯林被命令把那些盟约遵守到底。
要与之作战的敌人是被指明的：就是那违背誓约、图谋驱逐先知(ﷺ)、并首先进攻的敌人。
9:5之后的那节经文命令保护任何请求保护的多神教徒，并安全护送他。
放在它所在的段落中来读，9:5涉及的是与先知(ﷺ)交战的阿拉伯拜偶像部落。它不是杀死泛指的不信者的命令。
先知(ﷺ)禁止杀害妇女和儿童，并警告人不要杀害任何订有盟约的人。
伊斯兰教只允许合法的国家在真主(﷾)所定的限度内作战，并禁止越出这些限度。