简短回答
他祷告，是因为他不是上帝。福音书一再显示他向神祷告。路加说，他退到旷野去祷告，有一次还“整夜祷告神”。在客西马尼，他俯伏在地，为他将要喝的那杯三次祷告。每一次他都让步了：“不要照我的意思，只要照你的意思”。希伯来书说，他“大声哀哭，流泪祷告，恳求那能救他免死的主”。一个向另一位乞求帮助、并顺服自己意志的人，在他之上有一位神。伊斯兰教教导说，耶稣是真主的仆人和先知。《古兰经》记载他说，真主(﷾)“嘱咐我，只要活着就要谨守拜功”。
完整解释
一个祷告的人
福音书（《新约》开头讲述耶稣生平的四卷书）显示耶稣离开人群，独自祷告。他在旷野、在山上、在天亮以前祷告。有一次他整夜“祷告神”。他像他之前的每一位先知那样向神祷告：作为一个需要神的人，而不是作为一个无所需要的人。当有人问他第一条诫命时，他说出了独一神的信经：“主我们的神是独一的主”。信经就是信仰的宣言。
“他却退到旷野去祷告。”
“那时，耶稣出去，上山祷告，整夜祷告神。”
“次日早晨，天还大黑的时候，耶稣起来，出去，到旷野地方去，在那里祷告。”
“他打发众人走了以后，就独自上山去祷告；到了晚上，只有他一人在那里。”
“耶稣回答他说：一切诫命中第一要紧的就是：以色列啊，你要听，主我们的神是独一的主。”
客西马尼：三次祷告，一个回答
客西马尼是耶路撒冷城外的一个地方，按福音书的说法，耶稣在被捕的那一夜在那里祷告。他俯伏在地，求他的父叫那杯离开他。那杯象征着摆在他面前的艰难考验。他回去第二次祷告：“这杯若不能离开我，必要我喝，就愿你的意旨成全”。然后他第三次祷告，说的话还是一样。他自己不能使那杯离开。他求那位能做到的，而每一次他都接受了那位的旨意。一位全知全能的上帝，没有谁可以去乞求。
“他就稍往前走，俯伏在地，祷告说：我父啊，倘若可行，求你叫这杯离开我；然而，不要照我的意思，只要照你的意思。”
“第二次又去祷告说：我父啊，这杯若不能离开我，必要我喝，就愿你的意旨成全。”
“耶稣又离开他们去了。第三次祷告，说的话还是与先前一样。”
向那能救他的主大声哀哭、流泪
希伯来书是《新约》中的一卷书，基督徒把它当作经文。它描述他的祷告是向那“能救他免死的”主所献上的大声哀哭和眼泪。他没有凭自己的能力救自己。他求那位能救他的。希伯来书还说，他“蒙了应允”。这是一个仆人的祷告，得到了他的主的应允。
“基督在肉体的时候，既大声哀哭，流泪祷告，恳求那能救他免死的主，就因他的敬畏蒙了应允。”
两个意志，一个让步
《古兰经》说，假若在真主(﷾)之外还有别的神，天地就会混乱，每个神都会独占自己所创造的。道理很简单。如果两个神圣的意志可能有分歧，其中一个就必须让步。让步的那一个从来就不是神。基督徒说耶稣是上帝。然而在路加对他为那杯祷告的那一夜的记述中，耶稣称为“我的意思”的那个意志，向他父的意志让步了。意志向真主(﷾)让步的那一位，不是神。
“除安拉外，假若天地间还有许多神明，那么，天地必定破坏了。赞颂安拉——宝座的主——是超乎他们的描述的。”
“安拉没有收养任何儿子，也没有任何神灵与他同等；否则每个神灵必独占他所创造的，他们也必优胜劣败。赞颂安拉，超乎他们的描述。”
“说：父啊，你若愿意，就把这杯撤去；然而不要成就我的意思，只要成就你的意思。”
基督徒的回答：他作为人祷告
基督徒回答说，永恒的圣子取了“奴仆的形像”，成为完全的人。按这种理解，他在他的人性中作为一个真正的人祷告，同时仍然是上帝。他的祷告表明他是真正的人，而不是表明他低于上帝。681年，一次教会公会议补充说，他有两个意志，神性的和人性的。它说他人性的意志服从神性的意志。基督徒按这一点来理解客西马尼。
“反倒使自己毫无名声，取了奴仆的形像，成为人的样式；”
该会议承认基督有两个本性的意志和两个本性的作为，并教导说他人性的意志跟随并服从他神性的、全能的意志。
是谁在祷告？
本性不会祷告，祷告的是位格。451年，教会的迦克墩公会议把基督界定为一个位格，“不是被分开或分裂为两个位格”。所以按信经自己的说法，祷告的那一位是圣子上帝。这就意味着圣子上帝乞求他自己不能给予自己的东西，并放弃了他自己的意志。一位全知全能的上帝不可能这样做。如果祷告的只是那个人，那么基督里就有两个位格，而同一次公会议拒绝了这一点。福音书从来没有这样划分他的话。它们显示的是一个人在向他的神祷告。
该会议承认同一位基督具有神性和人性两个本性，并宣告他“不是被分开或分裂为两个位格，而是同一位子”。
“说：父啊，你若愿意，就把这杯撤去；然而不要成就我的意思，只要成就你的意思。”
《古兰经》怎么说
《古兰经》记载耶稣说，他是安拉的仆人，真主(﷾)使他做先知。它说，真主(﷾)命令他只要活着就要礼拜。它还说，麦西哈绝不拒绝做安拉(﷾)的奴仆、崇拜安拉(﷾)。
“那婴儿说：我确是安拉的仆人，他要把经典赏赐我，要使我做先知，”
“要使我无论在哪里都是有福的，并且嘱咐我，只要活着就要谨守拜功，完纳天课，”
“麦西哈绝不拒绝做安拉的奴仆，蒙主眷顾的众天使，也绝不拒绝做安拉的奴仆。凡拒绝崇拜安拉，而且妄自尊大的人，他要把他们全体集合到他那里。”
逐节来看
路加福音 22:42 — 第22章，第42节
“说：父啊，你若愿意，就把这杯撤去；然而不要成就我的意思，只要成就你的意思。”
引用目的
让步的只是基督人性的意志。他神性的意志丝毫未受影响。
回应
意志属于某一位，而信经说基督是一个位格，“不是被分开或分裂为两个位格”。教会后来的回答出现在681年的第三次君士坦丁堡公会议上。它说，这一位圣子有两个意志，他人性的意志顺服神性的意志，而神性的意志也是他自己的。但耶稣并没有说‘不要成就我人性的意思，只要成就我神性的意思’。他说的是“不要成就我的意思，只要成就你的意思”。他所让步的那个意志，他称之为他父的，而不是他自己的。路加的记述没有显示这样的划分。它显示的是一个人在向他的神祷告。
结论 — 两个本性的回答并不能消除问题：祷告并让步的那一位不是神。
马太福音 26:39 — 第26章，第39节
“他就稍往前走，俯伏在地，祷告说：我父啊，倘若可行，求你叫这杯离开我；然而，不要照我的意思，只要照你的意思。”
引用目的
耶稣祷告是为了给他的追随者树立祷告的榜样。
回应
一个榜样不需要为同一个杯祷告三次。它不需要向那“能救他免死的”主“大声哀哭，流泪祷告”。这些是向在他之上的一位神发出的真实的请求。
结论 — 他的祷告是一个仆人向他的主的祷告，而不是一场示范。
不同观点
主流基督教
耶稣作为一个真正的人祷告。永恒的圣子取了完全的人性。他在那个本性中祷告，依靠父，顺服父的旨意。他给他的追随者留下了榜样。
腓立比书 2:7说，他取了奴仆的形像，成为人的样式。基督徒把他的祷告放在那段作为人的生命之中。
反驳
这节经文说他取了奴仆的形像，但本性不会祷告，祷告的是位格。迦克墩说基督是一个位格，所以乞求的那一位是圣子上帝。一位无所不能的上帝，没有谁可以去乞求。
教会教导说，基督是一个位格、两个本性，所以他可以作为人祷告，同时是上帝。
反驳
这是教会的教导，但同一次公会议说，基督“不是被分开或分裂为两个位格”。所以祷告的那一位是圣子上帝，他在乞求，并放弃他的意志。一位全能的上帝不可能这样做。
教会教导说，基督有两个意志，神性的和人性的，人性的意志服从神性的意志。基督徒把客西马尼理解为这种顺服。
反驳
意志属于某一位，而信经说基督是一个位格。耶稣并没有说‘不要成就我人性的意思，只要成就我神性的意思’。他说的是“不要成就我的意思，只要成就你的意思”，并把他所让步的意志称为他父的意志。
伊斯兰的观点
耶稣祷告，是因为他是真主的仆人和先知。他的祷告表明在他之上有一位神，他向那一位乞求、顺服并崇拜。
耶稣常常退去祷告，有一次整夜祷告神。他把独一神的信经说成第一条诫命。
在客西马尼，他俯伏在地，为那杯三次祷告。他首先求那杯离开他。
他把自己的意志放在一边，顺从另一位的旨意：“不要成就我的意思，只要成就你的意思”。
假设两个神圣的意志可能有分歧。那么其中一个就必须让步，而让步的那一个不是神。
希伯来书说，他大声哀哭、流泪，向那能救他免死的主祷告。
信经使基督成为一个位格。所以两个本性的回答，使圣子上帝向上帝祷告，并让出自己的意志。
《古兰经》教导说，耶稣是安拉的仆人，奉命只要活着就要礼拜。