简短回答
学者们估计，《新约》各抄本之间有200,000到400,000处差异。这比《新约》的字数还多。现存5,000多份手抄的希腊文抄本，还有约10,000份拉丁文抄本。大多数差异是小的笔误。但有些是整段经文。例如，唯一一节说父、道和圣灵为一的经文，以及马可福音的最后十二节。《旧约》的抄本和译本也在数千处互不相同。有一节关于扫罗王的经文丢失了一个数字，三部《圣经》把它印成三种不同的样子。所以，没有人能证明今天的《圣经》与最初写成时一字不差。《古兰经》说，真主(﷾)亲自保护它不被篡改。
完整解释
是谁统计了这些差异
这些数字来自巴特·埃尔曼，他是研究《新约》手抄本的知名专家。他不是穆斯林。他少年时成为一名福音派基督徒，即把《圣经》当作最终权威的基督徒。他学习希腊文，为的是能用《新约》最初的语言阅读它。他师从布鲁斯·梅茨格，当时研究《新约》文本的首屈一指的学者。他并不是有意要发现他在抄本中所发现的东西。他报告说，抄本之间有200,000到400,000处差异，比《新约》本身的字数还多。
埃尔曼少年时成为一名虔诚的福音派信徒，曾就读于慕迪圣经学院和惠顿学院，后在普林斯顿神学院师从布鲁斯·梅茨格获得博士学位。他报告说，已知的新约希腊文抄本有5,700多份，此外还有约10,000份拉丁文抄本。没有两份是完全相同的。对它们之间差异的估计从200,000到400,000处甚至更多，因此抄本之间的差异比新约的字数还多。大多数是拼写之类无关紧要的笔误；有些改变了一段经文的意思。大多数现存抄本比原稿晚了几个世纪，最早的抄本很少，而且大多是残片。
最早的抄本中没有的三段经文
有些差异不是笔误。第一处是约翰一书 5:7。它是《圣经》中唯一一节说父、道和圣灵为一的经文。中世纪晚期以前的希腊文抄本都没有它，只有作为后来写在页边的注释除外。第二处是马可福音的最后十二节，其中有基督徒所讲的复活的耶稣显现的事。两部大部分保存下来的最古老的希腊文圣经中没有这几节。它们结束于第8节，妇女们害怕。第三处是约翰福音中行淫时被拿的妇人的故事。约翰福音最早的抄本中没有它，后来的抄本把它放在不同的位置，有的放在路加福音中。这三点都是基督教学者确定的。现代《圣经》把这些经文删去，或标明为可疑。
“因为在天上作见证的有三：就是父、道和圣灵；这三样都归于一。”
关于约翰一书 5:7-8，指出关于父、道和圣灵的那些话，在所有已知的希腊文抄本中都没有，只有八份晚期抄本例外，其中四份是作为后来的补充写在页边上的；没有一位希腊教父引用过这些话；除拉丁文译本外，所有古代译本都没有这些话。
“她们就出来，从坟墓那里逃跑，又发抖又惊奇，什么也不告诉人，因为她们害怕。”
“在七日的第一日清早，耶稣复活了，就先向抹大拉的马利亚显现；耶稣从她身上曾赶出七个鬼。”
关于马可福音 16:9-20，书中指出：最后这十二节经文不见于两部大部分保存下来的最古老的希腊文圣经，即西奈抄本和梵蒂冈抄本，也不见于其他早期见证；优西比乌和哲罗姆都说，他们所知的几乎所有希腊文抄本都没有这几节；有些抄本则附有另一个较短的结尾；结论是，从最早的证据看，这卷福音书结束于 16:8。
“他们还是不住地问他，耶稣就直起腰来，对他们说：你们中间谁是没有罪的，谁就可以先拿石头打她。”
关于行淫时被拿的妇人的故事（约翰福音7:53-8:11），他指出早期蒲草纸抄本（P66和P75）、西奈抄本、梵蒂冈抄本以及其他早期证据中都没有这个故事，而载有它的抄本把它放在不同的位置：约翰福音7:52之后、约翰福音7:36之后、约翰福音末尾，或路加福音21:38之后。结论是它原本不属于《约翰福音》。
《旧约》的抄本也互不相同
现存最古老的完整希伯来圣经，是约公元1008年制作的一份抄本。那比其中最晚的一卷书晚了一千多年。死海古卷从1947年开始被发现。这些更古老的抄本显示，当时有几种文本形式同时在使用。撒玛利亚五经（撒玛利亚人自己的摩西五经抄本）与犹太人的文本约有6,000处不同。《新约》作者通常引用的希腊文译本，它的耶利米书比希伯来文短约七分之一。创世记第5章和第11章中的年岁，在希伯来文、希腊文和撒玛利亚文本之间各不相同。三者对洪水的年代推算相差几个世纪。在撒母耳记上 13:1，希伯来文丢失了扫罗的年龄。下面列出的三部公有领域《圣经》（任何人都可以自由复制的版本），把这节经文印成三种不同的样子。
关于希伯来圣经经文的标准手册。现存最古老的完整希伯来圣经是中世纪的列宁格勒抄本（公元1008-1009年）。古卷显示，在公元纪年之交前后，经文以几种不同的文本形式流传。撒玛利亚五经与犹太人的马所拉文本约有6,000处不同；希腊文七十士译本的耶利米书比希伯来文短约七分之一，章节顺序也不同，它的约伯记约短六分之一。创世记第5章和第11章家谱中的年岁在这三种文本之间各不相同，因此它们对洪水和创世的年代推算相差几个世纪。
“扫罗作王一年；他作以色列王到了第二年的时候，”
“扫罗登基的时候年三十岁，他作以色列王四十二年。”
“扫罗登基的时候年——岁；他作以色列王二年。”
用数字看《圣经》的经文
- 《新约》留存下来的希腊文手抄本超过5,000份，拉丁文的约有10,000份。
- 学者估计它们之间有200,000到400,000处差异。差异的数目比《新约》的字数还多。
- 大多数差异是拼写之类的小错误。但有些是整段经文，例如马可福音的最后十二节。
- 现存最古老的完整希伯来文《圣经》抄写于约公元1008年，比其中最晚的一卷书晚了一千多年。
- 《新约》作者通常引用的希腊文译本中，耶利米书比希伯来文本短了约七分之一。
- 创世记第5章和第11章中的年岁，在希伯来文本、希腊文本和撒玛利亚人自己的摩西五经抄本之间各不相同。因此三者给大洪水定的年代相差几百年。
真主(﷾)应许保护的经典
《古兰经》说，是真主(﷾)降示了它，他将保护它不被篡改。它还邀请读者检验它：假若它不是从真主(﷾)那里来的，人们必定发现其中有许多差别。在先知(ﷺ)在世时，就有许多人背记了它。有名有姓的书记员把它写了下来。许多背记它的人后来在战斗中阵亡。于是栽德·本·萨比特从书写的片段和背记者那里，把它汇集成一册。他曾为先知(ﷺ)记录启示。
“我确已降示教诲，我确是教诲的保护者。”
“难道他们没有研究《古兰经》吗？假若它不是安拉所启示的，他们必定发现其中有许多差别。”
栽德·本·萨比特传述，许多背记《古兰经》的人在叶麻麦阵亡之后，艾布·伯克尔请他把《古兰经》汇集成一册，并提醒他，他过去曾为真主的使者记录启示。栽德从书写的片段和人们的记忆中收集经文；完成的抄本由艾布·伯克尔传给欧麦尔，后来又传给哈芙赛。
基督徒给出的回应
《原文希腊文新约：导论》（1882年）
这是为文本辩护的经典论述。撇开拼写上的差异，这部希腊文校勘本的编者判断，仍有疑问的字词约占《新约》的六十分之一，其中大多数相对无关紧要，而实质性的异文最多不过占文本的千分之一。
引用目的
基督徒回答说，这些差异大多是拼写、词序或漏掉一个词，没有改变任何要紧的东西。
回应
大多数差异是小的，没有人声称400,000处差异就意味着400,000条教义。但上面那三段经文不是笔误。它们承载着三位一体、最早一部福音书中的复活显现，以及耶稣的一个著名故事。造成那些小笔误的同一种手抄，也把教义带进了经文。这三处之所以被发现，只是因为有更古老的抄本保存了下来。
结论 — 大多数差异是小的，但这三段经文表明，抄写也改变了教义。
不同观点
主流基督教
抄本数量众多是一个优势。学者们比较它们，以恢复作者所写的原文。大多数差异是拼写或词序，没有改变任何东西。
抄本之间的大多数差异是拼写和词序之类无关紧要的笔误。
反驳
没有人说400,000处差异就意味着400,000条教义。但有三段经文不是笔误：关于三位一体的经文、马可福音的结尾，以及行淫时被拿的妇人的故事。造成那些小笔误的同一种手抄，也把教义带进了经文。
伊斯兰的观点
《圣经》各抄本之间的差异，比《新约》的字数还多。有些差异是承载教义的整段经文。降示给先知(ﷺ)的《古兰经》，如真主(﷾)所应许的那样受到他的保护，从一开始就被背记和书写下来。
学者们估计，《新约》抄本之间有200,000到400,000处差异。这比《新约》的字数还多。
最早的抄本中没有三段经文：‘父、道和圣灵为一’的那节经文、马可福音的最后十二节，以及行淫妇人的故事。
希伯来圣经以几种文本形式保存下来，它们在数千处互不相同。它最古老的完整抄本是中世纪的。
在撒母耳记上 13:1，希伯来文丢失了一个数字。英王钦定本（KJV）、世界英文圣经（WEB）和JPS 1917译本印出了三种不同的经文。
《古兰经》说，真主(﷾)亲自保护它不被篡改。它把自己没有差别作为检验它来源的方法。
《古兰经》是由先知(ﷺ)自己的书记员写下来的。他去世后不久，就根据书写的经文和背记者，把它汇集成一册。