简短回答
按照无神论，没有充分的理由相信我们的推理。心智只能来自一个盲目、无引导的过程，这个过程保留下任何有助于我们祖先生存的东西。但生存与正确并不是一回事。然而无神论者必须用同一个心智得出没有上帝的结论。这种观点没有给出任何理由去信任用来得出它的工具。查尔斯·达尔文本人在1881年就怀疑，一个从动物心智发展而来的心智，它的信念究竟能不能信任。这个怀疑波及每一个信念，包括无神论。信士没有这样的问题。《古兰经》说，真主(﷾)赐给人听觉、视觉和理解力，并号召人们运用它们。一个由创造了它所研究的世界的那一位所赐予的心智，是值得信任的心智。
完整解释
生存不等于正确
自然选择保留那些有助于生物生存和繁衍后代的东西。一个信念不论真假，都可能有助于这一点。关于食物和危险的真实信念常常有帮助。但选择奖励的是行为，而不是行为背后的真理。一个导致同样行为的错误信念，也同样管用。对于远离生存的信念，选择给出的信任理由就更少了，例如关于数学、宇宙起源或上帝的信念。所以，如果无引导的进化就是心智的全部来历，我们就没有确实的理由认为我们最深层的信念是真的。这也包括没有上帝的信念。美国哲学家阿尔文·普兰丁格对此作了完整的阐述。按照自然主义（认为自然就是一切的观点），我们思维的可靠性是不太可能的，或者是无法知道的。所以自然主义自我拆台：它挖掉了自己的立足之地。
论证说，如果自然主义（没有上帝）和无引导的进化都是真的，那么人类思维可靠的概率很低，或者无法知道，因此自然主义者有理由怀疑他的一切信念，包括自然主义本身。他的结论是，冲突不在科学与对上帝的信仰之间，而在科学与自然主义之间。
达尔文自己的怀疑
查尔斯·达尔文是19世纪的博物学家，他提出了自然选择的进化论。在他生命最后一年写的一封信中，他提出了同样的怀疑。他当时写的是自己内心的信念：宇宙不是偶然的产物。接着他提出一个问题：一个从低等动物发展而来的心智，它的信念究竟能不能信任？达尔文把这个怀疑指向他自己认为世界是被设计的那种感觉。但它适用于这样一个心智所持有的每一个信念，也包括没有上帝的信念。
“但是在我这里，总会生出一个可怕的疑问：人的心智是从低等动物的心智发展而来的，那么人心中的信念究竟有没有任何价值，是否完全可信？如果猴子的心智中有任何信念的话，会有人相信猴子心智中的信念吗？”
一位无神论哲学家的结论
托马斯·内格尔是一位不信上帝的美国哲学家。然而他得出结论说，纯唯物主义的达尔文式自然观几乎肯定是错误的。唯物主义是认为一切都只是物质的观点。他的理由是，它无法解释心智是如何凭理性把握真理的。
内格尔是一位无神论哲学家，他论证说，唯物主义的新达尔文主义自然观几乎肯定是错误的，因为它无法解释意识、理性和价值。他不接受对上帝的信仰，但认为理性对真理的把握无法被解释为自然选择的副产品。
由秩序的创造者所赐的心智
《古兰经》说，真主(﷾)使每个人从母腹出生时一无所知，然后赐给他们听觉、视觉和理解力。人们将被问到自己是如何使用它们的。他们被告诫不要随从自己所不知道的事。一个为了认识真理而赐予的心智，由创造了它所研究的世界的那一位所赐，是一个人有理由信任的心智。
“安拉使你们从母腹出生，你们什么也不知道，他为你们创造耳目和心灵，以便你们感谢。”
“你不要随从你所不知道的言行，耳目和心灵都是要被审问的。”
理性指回它的创造者
《古兰经》要人们在自己心中思考，并观察天地。它问他们是从无到有被创造出来的，还是他们自己创造了自己。诚实地运用理性，就会通向赐予理性的造物主。
“难道他们没有思维吗？安拉创造天地万物，只依真理和定期，有许多人的确不信将与他们的主相会。”
“天地的创造，昼夜的轮流，在有理智的人看来，此中确有许多迹象。他们站着、坐着，躺着记念安拉，并思维天地的创造，（他们说）：我们的主啊！你没有徒然地创造这个世界。我们赞颂你超绝万物，求你保护我们，免受火狱的刑罚。”
“是他们从无到有被创造出来呢？还是他们自己就是创造者呢？难道他们曾经创造天地吗，不然，是他们不确信安拉。”
常见的回应
《冲突究竟在哪里》（2011年）
论证说，如果自然主义（没有上帝）和无引导的进化都是真的，那么人类思维可靠的概率很低，或者无法知道，因此自然主义者有理由怀疑他的一切信念，包括自然主义本身。他的结论是，冲突不在科学与对上帝的信仰之间，而在科学与自然主义之间。
引用目的
真实的信念有助于生存，所以进化给了我们可靠的心智，科学的成功就证明了这一点。
回应
生存需要的是关于食物和危险的有用行为，而不是关于数学、物理或宇宙起源的真实信念。然而一个来自一颗小小行星的生物，却能用数学写出宇宙的定律。20世纪的物理学家尤金·维格纳称之为数学不合理的有效性。如果是独一的至高心智既造了秩序，又造了研究秩序的心智，这正是人们所预期的。单凭生存解释不了它。而用科学的成功来证明理性可靠，恰恰预设了正在受检验的理性。信士用的是同一个心智，但他的观点给了他理由，预期它能运作。无神论者的观点却给了他理由去怀疑它。
结论 — 生存能解释有用的本能，却解释不了一个与宇宙的数学相契合的心智。
不同观点
一位在问题上看法一致的无神论哲学家
托马斯·内格尔不接受对上帝的信仰。然而他承认，纯唯物主义的心智观无法解释理性为什么能达到真理。
无神论者托马斯·内格尔判断，唯物主义的新达尔文主义图景几乎肯定是错误的，因为它无法解释理性。
反驳
内格尔说得对，纯物质的叙述无法解释理性。他拒绝上帝，但拒绝上帝并不能填补他发现的空缺。《古兰经》填补了它：真主(﷾)赐给人听觉、视觉和理解力。
伊斯兰的观点
人的心智是造物主的恩赐，造来认识关于他的造化的真理。这就是理性可以信任的原因，也是理性引人回到他那里的原因。
没有任何引导的进化选择的是有助于生存的东西，而不是真实的东西。所以，如果自然就是一切，那么理性可以信任这个说法就毫无依据。
选择奖励的是有用的行为，而不是真实的信念。所以对于远离生存的信念，例如关于宇宙起源或关于上帝的信念，它的支持就更少了。
一个用理性否认上帝的无神论者依赖着理性。然而他自己的观点没有给他任何信任理性的根据。
达尔文本人就怀疑，一个从低等动物发展而来的心智，它的信念能不能信任。
《古兰经》说，真主(﷾)赐给人听觉、视觉和理解力，并要他们为自己如何使用这些而负责。
一个由所研究的世界的造物主所造的心智，理应能够理解那个世界。