简短回答
他的意思是‘从上面’生，也就是从神而生。约翰福音 3:3中的希腊文词是anothen。它可以指‘重新’，但它的基本意思是‘从上面’。约翰在别处还用了这个词三次，每一次都是‘从上面’的意思。连英王钦定本（KJV）在约翰福音 3:31中也把它译作‘从上头’。尼哥底母以为这是指再从母亲腹中生一次，耶稣纠正了他：这种出生是从圣灵生的。到2世纪，教会已经把这节经文和洗礼联系在一起。耶稣本人清楚地说过什么引人进入生命。当一个人问怎样得永生时，他说：“就当遵守诫命”。这正是伊斯兰教所教导的道路：顺从真主(﷾)。
完整解释
约翰用的词
约翰福音 3:3和3:7中的希腊文词是anothen：ano意思是‘上面’，词尾-then意思是‘从’。英王钦定本（KJV）在这两节中把它译作‘again’（重新）。约翰还用了这个词三次。在3:31，英王钦定本作“从上头来的”。在19:11，作权柄是“从上头赐给你的”。在19:23，作一件里衣是“上下一片织成的”。新标准修订版（NRSV）把3:3本身译作“从上面生的”。
“耶稣回答说：我实在实在地告诉你，人若不重生，就不能见神的国。”
“从上头来的是在万有之上；从地上来的是属乎地，他所说的也是属乎地。从天上来的是在万有之上。”
“耶稣回答说：若不是从上头赐给你的，你就毫无权柄办我。所以，把我交给你的那人罪更重了。”
“兵丁既然将耶稣钉在十字架上，就拿他的衣服分为四份，每兵一份；又拿他的里衣，这件里衣原来没有缝儿，是上下一片织成的。”
把约翰福音3:3译为：人只有“从上面生的”才能见神的国；并在脚注中给出另一译法“重新生的”。
基督徒怎样理解它
尼哥底母把这个词听成‘第二次’，耶稣回答说，人必须是从水和圣灵生的。基督徒把这理解为圣灵所赐的新生。天主教和东正教的教导通过“从水和圣灵生的”这句话，把它与洗礼联系起来。许多福音派信徒说，人在亲自信基督的那一刻就重生了。
“尼哥底母说：人已经老了，如何能重生呢？岂能再进母腹生出来吗？”
“耶稣说：我实在实在地告诉你，人若不是从水和圣灵生的，就不能进神的国。”
教导说，洗礼是重生的洗涤，它带来由水和圣灵而生；它引用约翰福音3:5说，没有这种出生，谁也不能进入神的国。
这节经文怎样变成了指洗礼
到2世纪中叶，罗马的基督教教师殉道者游斯丁引用这句话时，用的是‘重生’，以此解释洗礼。据说在洗礼中，归信者在水中获得新生。今天的天主教教导仍然称洗礼为由水和圣灵而生。
游斯丁描述二世纪中叶罗马基督徒的洗礼时说，归信者被带到水边，在那里“重生”；他以基督的话来支持这一点：人若不重生，就不能进天国。
教导说，洗礼是重生的洗涤，它带来由水和圣灵而生；它引用约翰福音3:5说，没有这种出生，谁也不能进入神的国。
真主(﷾)所赐的出生，而不是一种仪式
耶稣用风来解释他所说的出生：风随着意思吹。这是神所做的事，没有人能安排。读作‘从上面’，这句话说的是神在一个人身上的作为。它不是一种仪式，也不是一个作出决定的单一时刻。
“风随着意思吹，你听见风的响声，却不晓得从哪里来，往哪里去；凡从圣灵生的，也是如此。”
“从上头来的是在万有之上；从地上来的是属乎地，他所说的也是属乎地。从天上来的是在万有之上。”
耶稣说什么引人进入生命
当一个人直接问耶稣该做什么才能得永生时，他说要遵守诫命。他说天国属于那些遵行他父旨意的人。他还说，凡遵行诫命又教训人遵行的，必称为大的。伊斯兰教教导同样的对真主(﷾)的顺从。《古兰经》说，耶稣证实了律法，并解除了先前的一部分禁令。只有真主(﷾)才能通过一位先知改变他的律法。
“有一个人来见耶稣，说：良善的夫子，我该做什么善事，才能得永生？耶稣对他说：你为什么称我是良善的？除了神一位之外，再没有良善的。你若要进入永生，就当遵守诫命。”
“凡称呼我主啊，主啊的人，不能都进天国；惟独遵行我天父旨意的人，才能进去。”
“所以，无论何人废掉这诫命中最小的一条，又教训人这样做，他在天国要称为最小的；但无论何人遵行这诫命，又教训人遵行，他在天国要称为大的。”
“（我奉命来）证实在我之前降示的《讨拉特》，并为你们解除一部分禁令。我已昭示你们从安拉发出的一种迹象，故你们应当敬畏安拉，应当服从我。”
“他们顺从使者——不识字的先知，他们在自己所有的《讨拉特》和《引支勒》中发现关于他的记载。他命令他们行善，禁止他们作恶，准许他们吃佳美的食物，禁戒他们吃污秽的食物，卸脱他们的重担，解除他们的桎梏，故凡信仰他，尊重他，援助他，而且遵循与他一起降临的光明的人，都是成功者。”
逐节对照
约翰福音 3:5 — 第3章，第5节
“耶稣说：我实在实在地告诉你，人若不是从水和圣灵生的，就不能进神的国。”
引用目的
“从水和圣灵生的”指向洗礼：新生发生在洗礼的水中，正如天主教的教导所说。
回应
耶稣紧接着用风来解释这种出生：风随着意思吹，无从追寻。这是神自己的作为，不是人所举行的仪式。而且约翰在3:3所用的词，正是他用来指从上面而来之物的词。
结论 — 这句话从未提到洗礼。耶稣用没有人能控制的风来解释这种出生，而约翰自己用的这个词意思是‘从上面’。这是神所赐的出生，不是人所举行的仪式。
约翰福音 3:16 — 第3章，第16节
“神爱世人，甚至将他的独生子赐给他们，叫一切信他的，不至灭亡，反得永生。”
引用目的
在同一章中，耶稣说，一切信他的，不至灭亡，反得永生。进入生命的道路是信，而不是遵守诫命。
回应
信真主(﷾)的使者也是伊斯兰教的一部分，但信从来没有和顺从对立。约翰记载耶稣说，永生就是认识“你独一的真神，并且认识你所差来的耶稣基督”。当一个人直接问耶稣该做什么才能得永生时，他说要遵守诫命。他还说，不是每一个称他为主的人都能进天国，惟独遵行他父旨意的人才能进去。
结论 — 信与顺从是在一起的。当有人问耶稣通往永生的路时，他给出的回答是遵守诫命。
不同观点
主流基督教
重生是圣灵所赐的新生，没有它，谁也不能见神的国。各教会对它是通过洗礼还是通过个人的信而来，看法不同。
耶稣说，人必须是从水和圣灵生的，才能进神的国。
反驳
约翰记载了这些话，而这句话从未提到洗礼。耶稣紧接着用风来解释这种出生：风随着意思吹。这是神的作为，不是一种仪式。
天主教的教导称洗礼为由水和圣灵而生。
反驳
这是今天天主教会的教导。但这句话本身从未提到洗礼。耶稣用风来解释这种出生，而风是没有人能安排的。
约翰两种意思都有，‘重新’和‘从上面’，因为尼哥底母听成了‘第二次’。
反驳
尼哥底母确实听成了‘第二次’，而耶稣纠正了他：这种出生是从圣灵生的，不是从母腹生的。约翰在其他每一处用这个词，都是‘从上面’的意思，新标准修订版（NRSV）也这样翻译3:3。
伊斯兰的观点
耶稣说的是从上面的出生：神在一个人身上的作为，而不是一种仪式。他所指出的进入生命之路是顺从真主(﷾)的诫命，这正是伊斯兰教所教导的。
在‘重生’这句话（3:3和3:7）以外，约翰用这个词三次。每一次都是‘从上面’或‘从上头’的意思。
新标准修订版（NRSV）把约翰福音 3:3译作‘从上面生的’。
到2世纪，这句话被引作‘重生’，用来解释洗礼。
当有人问怎样得永生时，耶稣说要遵守诫命。