简短回答
这些命令确实在《圣经》里，但穆斯林认为它们不是来自真主(﷾)。《圣经》记载神吩咐扫罗“将男女、孩童、吃奶的”都杀死。摩西下令把米甸孩子中所有的男孩都杀了。申命记说，凡有气息的一个不可存留。然而同一部《圣经》又告诉以色列的审判官：“不可杀无辜和有义的人”。《古兰经》在一条它说是真主(﷾)赐给以色列后裔的定制中教导：杀害一个无辜的人，就如同杀害全人类。先知(ﷺ)打过真实的战争，而他禁止蓄意杀害妇女和儿童。杀婴儿的命令和禁止杀无辜的律法，不可能都出自同一位仁慈的真主(﷾)。伊斯兰教的回答是：这些命令出自人类作者之手，而不是出自真主(﷾)。耶利米自己就说到文士的假笔。
完整解释
《圣经》命令了什么
这些不是神亲自毁灭一个民族的故事，而是以神的名义下给人的命令：去杀死妇女、儿童和婴儿。以色列的第一位王扫罗被派去攻打亚玛力人，这个民族曾在以色列出埃及的路上攻击过他们。米甸是迦南东南方沙漠中的一个民族。摩西下令把米甸孩子中所有的男孩，以及所有已经与男人同房的女人都杀了。申命记吩咐以色列不可怜恤，凡有气息的一个不可存留。在迦南的城耶利哥，男女老少都被刀杀尽。
“万军之耶和华如此说：以色列人出埃及的时候，在路上亚玛力人怎样待他们、怎样抵挡他们，我都没忘。现在你要去击打亚玛力人，灭尽他们所有的，不可怜惜他们，将男女、孩童、吃奶的，并牛、羊、骆驼和驴尽行杀死。”
“摩西对他们说：你们要存留这一切妇女的活命吗？看哪，这些妇女因巴兰的计谋叫以色列人在毗珥的事上得罪耶和华，以致耶和华的会众遭遇瘟疫。所以，你们要把一切的男孩和所有已经与男人同房的女人都杀了。但女孩子中，凡没有与男人同房的，你们都可以存留她的活命。”
“耶和华你神将他们交给你击杀，那时你要把他们灭绝净尽；不可与他们立约，也不可怜恤他们。”
“但这些国民的城，耶和华你神既赐你为业，其中凡有气息的，一个不可存留，”
“又将城中所有的，不拘男女老少，牛羊和驴，都用刀杀尽。”
| 地点 | 命令 |
|---|---|
| 亚玛力 | 扫罗受命将“男女、孩童、吃奶的”尽行杀死（撒母耳记上 15:3）。 |
| 米甸 | 摩西下令杀死“一切的男孩”，以及每个已经与男人同房的女人（民数记 31:15-18）。 |
| 赐给以色列的城 | 凡有气息的，一个不可存留，也不可怜恤（申命记 20:16；7:2）。 |
| 耶利哥 | 老少都被刀杀（约书亚记 6:21）。 |
然而，同一部律法禁止以色列自己的审判官杀害无辜，也禁止因父亲的罪把孩子治死（出埃及记 23:7；申命记 24:16）。
《圣经》自己的律法与此相悖
摩西律法禁止以色列自己的审判官杀害无辜的人，也禁止因父亲的罪把儿子治死。然而士兵们却奉命杀死亚玛力人的婴儿。这些婴儿要为亚玛力人在以色列出埃及路上所做的事付出代价，而那是在这些孩子出生几百年以前的事。法庭不可以因父亲的罪行处死孩子，这里却是一支军队用刀杀死孩子。
“当远离虚假的事。不可杀无辜和有义的人，因我必不以恶人为义。”
“不可因子杀父，也不可因父杀子；凡被杀的都为本身的罪。”
“万军之耶和华如此说：以色列人出埃及的时候，在路上亚玛力人怎样待他们、怎样抵挡他们，我都没忘。现在你要去击打亚玛力人，灭尽他们所有的，不可怜惜他们，将男女、孩童、吃奶的，并牛、羊、骆驼和驴尽行杀死。”
基督徒无法把耶稣与这些命令分开
基督徒相信耶稣是圣子上帝，在出生之前就与父同在。《新约》说他昨日、今日、一直到永远都是一样的。所以基督徒必须认为，那位为孩子们祝福的耶稣就是同一位主。《圣经》说，正是这位主下令杀死亚玛力人的婴儿。穆斯林没有这样的难题。伊斯兰教认为耶稣是一位先知，是真主(﷾)的仆人，这一切都不能归到他身上。
“耶稣基督昨日、今日、一直到永远，是一样的。”
“万军之耶和华如此说：以色列人出埃及的时候，在路上亚玛力人怎样待他们、怎样抵挡他们，我都没忘。现在你要去击打亚玛力人，灭尽他们所有的，不可怜惜他们，将男女、孩童、吃奶的，并牛、羊、骆驼和驴尽行杀死。”
《古兰经》和先知(ﷺ)的教导
《古兰经》也讲到真主(﷾)因各民族的罪行而毁灭他们。伊斯兰教也允许合法的国家进行正义的战争。问题不在这里。问题在于，人们以真主(﷾)的名义被吩咐用刀杀死婴儿。《古兰经》记载了真主(﷾)关于杀人的定制：凡杀害一个人的，除非是因为他杀了人或在地方上作乱，就如同杀害了全人类。《古兰经》把战斗限于那些进攻的人，并禁止过分。在先知(ﷺ)的一次出征中，人们发现一个妇女被杀。于是他禁止蓄意杀害妇女和儿童。
“因此，我对以色列的后裔以此为定制：除因复仇或平乱外，凡妄杀一人的，如杀众人；凡救活一人的，如救活众人。我的众使者，确已昭示他们许多迹象。此后，他们中许多人，在地方上确是过分的。”
“你们当为主道而抵抗进攻你们的人，你们不要过分，因为安拉必定不喜爱过分者。”
伊本·欧麦尔传述，在先知(ﷺ)的一次出征中，人们发现一个妇女被杀，先知便禁止杀害妇女和儿童。
穆斯林为什么说这些经文被改动过
《古兰经》认为，早先的经典是真主(﷾)启示的，后来被人改动了。《圣经》自己在耶利米书中就说到文士的假笔。真主(﷾)派遣先知(ﷺ)禁止蓄意杀害妇女和儿童。这样的真主(﷾)不会命令杀死婴孩和吃奶的。
“哀哉！他们亲手写经，然后说：“这是安拉所降示的。”他们欲借此换取些微的代价。哀哉！他们亲手所写的。哀哉！他们自己所营谋的。”
“‘你们怎么说：“我们有智慧，雅威的律法在我们这里”？看哪，文士的假笔使它成了谎言。”
伊本·欧麦尔传述，在先知(ﷺ)的一次出征中，人们发现一个妇女被杀，先知便禁止杀害妇女和儿童。
逐节对照
申命记 9:5 — 律法书（托拉），第9章，第5节
“你进去得他们的地，并不是因你的义，也不是因你心里正直，乃是因这些国民的恶，耶和华你的神将他们从你面前赶出去，又因耶和华要坚定他向你列祖亚伯拉罕、以撒、雅各起誓所应许的话。”
引用目的
上帝是在因这些民族的邪恶审判他们。他是生命的赐予者，可以收回生命。
回应
婴儿没有作过恶。摩西律法禁止以色列自己的审判官因父亲的罪把儿子治死，也禁止他们杀害无辜的人。然而士兵们却奉命杀死亚玛力人的婴儿，为的是亚玛力人在这些婴儿出生几百年前所做的事。神亲自毁灭一个民族，那是他的审判。人奉命用刀杀死吃奶的孩子，这道命令就违背了律法自己的话。
结论 — 对有罪之人的审判，解释不了杀死婴儿的命令。律法自己说，儿子不可因父亲的罪而死。
撒母耳记上 27:8 — 先知书，第27章，第8节
“大卫和跟随他的人上去，侵夺基述人、基色人、亚玛力人之地。这几族自古以来住在那地，从书珥直到埃及。”
引用目的
‘灭尽’是夸大的战争用语。到大卫的时代亚玛力人还在，所以并没有人把他们全部杀光。
回应
这一章本身就把这道命令当作字面的意思。扫罗被定罪，是因为他怜惜了亚玛力王，爱惜了上好的掳物。在米甸，摩西因妇女被留了活命而发怒，并下令把男孩都杀了。一道只执行了一部分就要受罚的命令，不是修辞手法。
结论 — 《圣经》惩罚那些没有把所有人都杀掉的人，所以这道命令本来就是要人遵行的。
古兰经 18:71-77 — 第18章（山洞），第71-77节
“他俩就同行，到了乘船的时候，他把船凿了一个洞，穆萨说：“你把船凿了一个洞，要想使船里的人淹死吗？你确已做了一件悖谬的事！”他说：“我没有对你说过吗？你不能耐心和我在一起。”穆萨说：“刚才我忘了你的嘱咐，请你不要责备我，不要以我所大难的事责备我！”他俩又同行，后来遇见了一个儿童，他就把那个儿童杀了，穆萨说：“你怎么枉杀无辜的人呢？你确已做了一件凶恶的事！”他说：“难道我没有对你说过吗？你不能耐心地和我在一起。”穆萨说：“此后，如果我再问你什么道理，你就可以不许我再追随你，你对于我，总算仁至义尽了。”他俩又同行，来到了一个城市，就向城里的居民求食，他们不肯款待。后来他俩在城里发现一堵墙快要倒塌了，他就把那堵墙修理好了，穆萨说：“如果你意欲，你必为这件工作而索取工钱。””
引用目的
《古兰经》中真主的一个仆人杀了一个男孩，穆萨说那孩子是无辜的。所以《古兰经》也是一样。
回应
这位真主(﷾)的仆人，穆斯林称他为黑德尔，他说这些事没有一件是他随自己的意思做的。他是奉真主(﷾)的命令行事。《古兰经》只为这一个男孩给出了原因：他会以悖逆和不信使他信道的父母受苦。原因在于男孩自己，而不是他父辈的罪。这不是给一支军队的命令，也不允许任何人伤害别人。先知(ﷺ)禁止在战争中蓄意杀害妇女和儿童。
结论 — 一件奉真主(﷾)命令所做、并说明了原因的事，并不是命令一支军队用刀杀死一个民族的婴儿。
不同观点
基督教
上帝因这些民族的邪恶审判了他们。作为生命的赐予者，他有权收回生命。一些基督教学者还说，全然毁灭的说法是当时夸大的战争用语。
申命记说，神赶出迦南各族，是因为他们的恶，而不是因为以色列的义。
反驳
申命记对这些民族确实是这样说的。但婴儿没有作过恶。摩西律法禁止因父亲的罪把儿子治死。然而亚玛力人的婴儿却要为亚玛力人几百年前所做的事而死。
毁灭一切活物的命令是夸大的古代战争用语。我们能看出这一点，因为在扫罗出征之后，亚玛力人又出现了。
反驳
后来亚玛力人确实又出现了。但扫罗因为怜惜亚玛力王和爱惜上好的掳物而被定罪，摩西也因米甸的妇女被留了活命而发怒。一道只执行了一部分就要受罚的命令，本来就是要人遵行的。
伊斯兰的观点
真主(﷾)不会命令一支军队用刀杀死一个民族的妇女、婴孩和吃奶的。《古兰经》认为每一个无辜的生命都是神圣的。先知(ﷺ)禁止在战争中蓄意杀害妇女和儿童。《圣经》中这样做的命令，出自人类作者之手。
《圣经》记载神命令扫罗杀死亚玛力人的妇女、婴孩和吃奶的。
摩西对米甸下了一道命令：孩子中所有的男孩都要杀死，所有已经与男人同房的女人也要杀死。
申命记命令以色列，在赐给它的城中，凡有气息的一个不可存留。它说不可怜恤。
摩西律法禁止以色列的审判官杀害无辜的人，禁止因父亲的罪把儿子治死。
《新约》说耶稣昨日、今日、一直到永远都是一样的。所以基督徒无法把他与这些命令分开。
《古兰经》记载了真主(﷾)赐给以色列后裔的定制：杀害一个无辜的人，就如同杀害全人类。它还禁止在战争中过分。
先知(ﷺ)禁止在战争中蓄意杀害妇女和儿童。
这些命令出自人类作者之手，耶利米对文士假笔的抱怨也容许这样的理解。