简短回答
大多数差异确实很小，但这个回答恰恰承认了要害。它承认，在大约1,400年间，每一代人都在用手改动《圣经》的文本。有些改动确实触及教义（基督徒所信的内容）。唯一说三者为一的经文，在最早的抄本中没有。《马可福音》的结尾（基督徒在那里读到复活的耶稣显现）以及行淫时被拿的妇人的故事也是如此。我们之所以知道这些，只是因为较古老的抄本保存了下来。各卷书写成后的头一百年，只留下几片残片。所以没有人能核查那时改动了什么。在《旧约》中，希伯来文本和希腊文本对洪水年代的推算甚至相差几百年。耶稣说，人活着“乃是靠神口里所出的一切话”。律法禁止对神的话加添或删减。《古兰经》说，真主(﷾)亲自保护它。
完整解释
基督徒给出的回答
基督教学者回答说，几乎所有差异都微不足道。例如一个名字有两种拼法、词序不同，或漏掉一个冠词（像英文“the”这样的小词）。另一些是抄写者看错了行。韦斯科特和霍特这两位学者在1881年编订了希腊文《新约》，他们判断，真正的异文几乎只涉及文本的千分之一。巴特·埃尔曼是一位并不为文本辩护的新约学者。他也同意大多数差异无关紧要。
这是为文本辩护的经典论述。撇开拼写上的差异，这部希腊文校勘本的编者判断，仍有疑问的字词约占《新约》的六十分之一，其中大多数相对无关紧要，而实质性的异文最多不过占文本的千分之一。
埃尔曼少年时成为一名虔诚的福音派信徒，曾就读于慕迪圣经学院和惠顿学院，后在普林斯顿神学院师从布鲁斯·梅茨格获得博士学位。他报告说，已知的新约希腊文抄本有5,700多份，此外还有约10,000份拉丁文抄本。没有两份是完全相同的。对它们之间差异的估计从200,000到400,000处甚至更多，因此抄本之间的差异比新约的字数还多。大多数是拼写之类无关紧要的笔误；有些改变了一段经文的意思。大多数现存抄本比原稿晚了几个世纪，最早的抄本很少，而且大多是残片。
这个回答承认了什么
就其本身而言，这个辩护是对的，但它承认了要紧的一点。每一处差异，都是抄写者改动了他所抄写内容的地方。大多数很小，但如今没有人能把它们全部复原。造成这些小错的手抄过程，也带来了触及教义的改动，下一节会说明。
埃尔曼少年时成为一名虔诚的福音派信徒，曾就读于慕迪圣经学院和惠顿学院，后在普林斯顿神学院师从布鲁斯·梅茨格获得博士学位。他报告说，已知的新约希腊文抄本有5,700多份，此外还有约10,000份拉丁文抄本。没有两份是完全相同的。对它们之间差异的估计从200,000到400,000处甚至更多，因此抄本之间的差异比新约的字数还多。大多数是拼写之类无关紧要的笔误；有些改变了一段经文的意思。大多数现存抄本比原稿晚了几个世纪，最早的抄本很少，而且大多是残片。
触及教义的改动
有三段著名的经文在最早的抄本中没有，这三处都是基督教学者自己确认的。第一处是约翰一书 5:7，这是唯一直接说出三位一体（神是三而一）的经文。在中世纪晚期以前，任何希腊文抄本都没有它，只在后来作为页边注出现。第二处是《马可福音》的最后十二节，其中有基督徒所讲的复活的耶稣显现。两部大部分保存下来的最古老的希腊文《圣经》都没有这几节，它们结束于第8节。第三处是行淫时被拿的妇人的故事。《约翰福音》最早的抄本中没有它。这三段至今仍印在许多《圣经》中，并在教会中作为神的话宣读。
“因为在天上作见证的有三：就是父、道和圣灵；这三样都归于一。”
关于约翰一书 5:7-8，指出关于父、道和圣灵的那些话，在所有已知的希腊文抄本中都没有，只有八份晚期抄本例外，其中四份是作为后来的补充写在页边上的；没有一位希腊教父引用过这些话；除拉丁文译本外，所有古代译本都没有这些话。
“她们就出来，从坟墓那里逃跑，又发抖又惊奇，什么也不告诉人，因为她们害怕。”
关于马可福音 16:9-20，书中指出：最后这十二节经文不见于两部大部分保存下来的最古老的希腊文圣经，即西奈抄本和梵蒂冈抄本，也不见于其他早期见证；优西比乌和哲罗姆都说，他们所知的几乎所有希腊文抄本都没有这几节；有些抄本则附有另一个较短的结尾；结论是，从最早的证据看，这卷福音书结束于 16:8。
“他们还是不住地问他，耶稣就直起腰来，对他们说：你们中间谁是没有罪的，谁就可以先拿石头打她。”
关于行淫时被拿的妇人的故事（约翰福音7:53-8:11），他指出早期蒲草纸抄本（P66和P75）、西奈抄本、梵蒂冈抄本以及其他早期证据中都没有这个故事，而载有它的抄本把它放在不同的位置：约翰福音7:52之后、约翰福音7:36之后、约翰福音末尾，或路加福音21:38之后。结论是它原本不属于《约翰福音》。
| 经文 | 内容 | 证据 |
|---|---|---|
| 约翰一书 5:7 | “父、道和圣灵；这三样都归于一”。这是唯一一节说父、道和圣灵为一的经文。 | 中世纪晚期以前的希腊文抄本都没有，只有后来写在页边的注释例外。 |
| 马可福音 16:9-20，最后十二节 | 复活的耶稣显现 | 大体保存下来的两部最古老的希腊文《圣经》中都没有。它们在第8节结束。 |
| 约翰福音 7:53-8:11 | 行淫时被拿的妇人：“你们中间谁是没有罪的，谁就可以先拿石头打她。” | 约翰福音最早的抄本中没有。后来的抄本把它放在不同的地方，有的放在路加福音里。 |
这三点都是基督教学者自己确定的。然而这三段至今仍印在许多《圣经》里，并在教会中被当作上帝的话语诵读。
无人能核查的那些年
人们之所以知道这三处，只是因为较古老的抄本保存下来，可以与后来的抄本对照。各卷书写成后大约头一百年，几乎什么都没有留下。只有几片小残片。最早的是一片约信用卡大小的《约翰福音》残片。那正是文本最新、最容易被改动的时候。那个时期没有一份抄本留存下来，能显示当时对它做了什么。
埃尔曼少年时成为一名虔诚的福音派信徒，曾就读于慕迪圣经学院和惠顿学院，后在普林斯顿神学院师从布鲁斯·梅茨格获得博士学位。他报告说，已知的新约希腊文抄本有5,700多份，此外还有约10,000份拉丁文抄本。没有两份是完全相同的。对它们之间差异的估计从200,000到400,000处甚至更多，因此抄本之间的差异比新约的字数还多。大多数是拼写之类无关紧要的笔误；有些改变了一段经文的意思。大多数现存抄本比原稿晚了几个世纪，最早的抄本很少，而且大多是残片。
一片约信用卡大小的蒲草纸残片，一面写着约翰福音18:31-33的几个字，另一面写着18:37-38。它通常被视为现存最古老的《新约》残片。1935年，它的第一位编者把它定在2世纪上半叶；现在一些纸草学家认为，不能排除它属于2世纪较晚时期或公元200年左右。
《旧约》的差异并不都小
希伯来文《圣经》也显示了同样的情况。撒玛利亚五经（撒玛利亚人自己的摩西五经抄本）与犹太人的希伯来文本约有6,000处不同。七十士译本是犹太经典的古希腊文译本。它的《耶利米书》比希伯来文本短约七分之一，章节顺序也不同。创世记第5章和第11章中各位先祖的年岁，在希伯来文、希腊文和撒玛利亚文本之间也不相同。在希伯来文本中，塞特出生时亚当130岁。在希腊文本中，他230岁。所以这三种文本对洪水年代的推算相差几百年。在撒母耳记上 13:1，希伯来文本丢失了扫罗的年龄。英王钦定本（KJV）改写了这节经文。1917年的犹太译本则留了一处空白。
关于希伯来圣经经文的标准手册。现存最古老的完整希伯来圣经是中世纪的列宁格勒抄本（公元1008-1009年）。古卷显示，在公元纪年之交前后，经文以几种不同的文本形式流传。撒玛利亚五经与犹太人的马所拉文本约有6,000处不同；希腊文七十士译本的耶利米书比希伯来文短约七分之一，章节顺序也不同，它的约伯记约短六分之一。创世记第5章和第11章家谱中的年岁在这三种文本之间各不相同，因此它们对洪水和创世的年代推算相差几个世纪。
比较了希伯来文（马所拉文本）、撒玛利亚文本和希腊文（七十士译本）中的创世记1-11章。创世记第5章和第11章家谱中各位先祖的年岁，在这三种文本之间有系统性的差异，亨德尔认为这些差异来自抄写者对年代体系的有意修改。
“亚当活到一百三十岁，生了一个儿子，形像样式和自己相似，就给他起名叫塞特。”
在希腊文七十士译本中，塞特出生时亚当是二百三十岁，而不是希伯来文本中的一百三十岁。希腊文本还给洪水前的另外五位先祖在生儿子之前多加了一百年。
“扫罗作王一年；他作以色列王到了第二年的时候，”
“扫罗登基的时候年——岁；他作以色列王二年。”
《圣经》说：每一句话
耶稣用摩西律法中的话回答撒旦。人活着，是靠神口里所出的一切话。同一部律法禁止对神的话加添或删减任何内容。按这个标准，放进神的经典中的抄写者的话，绝不是小事。
“耶稣却回答说：经上记着说：人活着，不是单靠食物，乃是靠神口里所出的一切话。”
“他苦炼你，任你饥饿，将你和你列祖所不认识的吗哪赐给你吃，使你知道，人活着不是单靠食物，乃是靠耶和华口里所出的一切话。”
“所吩咐你们的话，你们不可加添，也不可删减，好叫你们遵守我所吩咐的，就是耶和华你们神的命令。”
真主(﷾)应许保护的经典
《古兰经》说，是真主(﷾)降示了它，并将保护它不被篡改。它也邀请读者检验它。它说，一部并非来自真主(﷾)的经典，其中必定有许多差别。许多圣门弟子能背诵它，所以它从来不只依赖抄本。圣门弟子艾奈斯·本·马立克被问到，在先知(ﷺ)在世时谁汇集了《古兰经》。他说出了四个人，都是辅士（麦地那本地的穆斯林）。像栽德·本·萨比特这样的书记员为他记录了启示。
“我确已降示教诲，我确是教诲的保护者。”
“难道他们没有研究《古兰经》吗？假若它不是安拉所启示的，他们必定发现其中有许多差别。”
有人问艾奈斯·本·马立克，在先知(ﷺ)在世时谁汇集了《古兰经》，他说出了四个人，都是辅士：吴巴伊·本·克尔卜、穆阿兹·本·杰伯勒、栽德·本·萨比特和艾布·栽德。
栽德·本·萨比特传述，许多背记《古兰经》的人在叶麻麦阵亡之后，艾布·伯克尔请他把《古兰经》汇集成一册，并提醒他，他过去曾为真主的使者记录启示。栽德从书写的片段和人们的记忆中收集经文；完成的抄本由艾布·伯克尔传给欧麦尔，后来又传给哈芙赛。
基督徒的回应，以及答复
《原文希腊文新约：导论》（1882年）
这是为文本辩护的经典论述。撇开拼写上的差异，这部希腊文校勘本的编者判断，仍有疑问的字词约占《新约》的六十分之一，其中大多数相对无关紧要，而实质性的异文最多不过占文本的千分之一。
引用目的
基督徒说，文本中真正有疑问的只占极小一部分，并由此推断没有任何教义受到影响。
回应
基督徒回答说，三位一体和复活在别处也有教导，所以没有什么依赖于这几段经文。但这几段经文表明，抄写者把教义写进了文本。一位抄写者把“这三样都归于一”这句话放进了《约翰一书》，又有人给《马可福音》加上了一个不是马可写的结尾。这个辩护只计算了至今仍能看到的改动。头一百年里所做的改动，无法用那个时期的任何抄本来核查。
结论 — 抄写者确实把教义写进了文本，而最早的时期无法核查，所以‘没有教义受到影响’并没有得到证明。
不同观点
主流基督教
几乎所有差异都是拼写、词序和笔误。其余的可以通过比较众多抄本来厘清，而且信仰的任何教导都不建立在可疑的读法上。
抄本之间的大多数差异，都是拼写和词序上微不足道的笔误。
反驳
就算大多数差异是小错。但问题不在于有多少是小的，而在于有没有触及教义的，而约翰一书 5:7和《马可福音》的结尾就触及了。
韦斯科特和霍特判断，实质性的异文几乎只涉及文本的千分之一。基督徒由此得出结论：没有任何教义依赖于可疑的读法。
反驳
就算基督徒在其他经文中也找到了三位一体和复活的教导。但这个千分之一只计算了至今仍能看到的改动。头一百年里的改动无法核查，而律法禁止人对神的话加添或删减。
伊斯兰的观点
这个辩护承认，人在抄写时改动了文本。这些改动包括三位一体的经文和《马可福音》中复活后的显现。降示给先知(ﷺ)的《古兰经》，才是真主(﷾)应许亲自保护的经典。
数十万处差异表明，抄写者在抄写时改动了文本。
有三段经文在最早的抄本中没有。它们是唯一直接说出三位一体的经文、《马可福音》的最后十二节，以及行淫妇人的故事。
各卷书写成后的头一百年，只有几片小残片留存。所以那个时期的文本无法用同时代的抄本来核查。
在《旧约》中，撒玛利亚五经与犹太人的文本约有6,000处不同。希腊文《耶利米书》比希伯来文本短约七分之一。这三种文本对洪水年代的推算也相差几百年。
耶稣和律法都说，人活着是靠神的每一句话。律法还禁止对它加添或删减。
《古兰经》说，真主(﷾)亲自保护它不被篡改。
《古兰经》在先知(ﷺ)在世时就由有名有姓的书记员记录下来，比如栽德·本·萨比特。