简短回答
只有英王钦定本（KJV），以及依从较晚希腊文抄本的《圣经》这样说，其中包括新英王钦定本和世界英文圣经（WEB）。最古老的希腊文抄本和所有早期译本读作‘那位’或‘那’，而不是‘神’：“那位在肉身显现的”。大多数现代《圣经》依从它们。在早期希腊文书写中，这两个词看起来几乎一样，只差一两笔。所以，一次抄写失误或一个选择，就可能决定这节经文是否称耶稣为神。同一封书信说，只有一位神，“在神和人中间，只有一位中保，就是那人基督耶稣”。它还说，没有人看见过神，也没有人能看见他。许多人看见过耶稣，所以这封书信把神和耶稣分开。伊斯兰教教导说，耶稣是一个人，是真主(﷾)的使者。
完整解释
基督徒为什么引用这节经文
在英王钦定本（KJV）中，提摩太前书 3:16写道：“就是神在肉身显现”。‘显现’的意思是公开显明。长期以来，基督徒把这句话看作耶稣是成了人的上帝的最明白的陈述之一。
“大哉，敬虔的奥秘！无人不以为然：就是神在肉身显现，在圣灵里称义，被天使看见，被传于外邦，被世人信服，被接在荣耀里。”
最古老的抄本怎么说
布鲁斯·梅茨格是二十世纪的学者，他写了关于《新约》希腊文本的权威指南。他发现，八、九世纪以前用大写字母写成的希腊文抄本，没有一部在原笔中读作‘神’，也就是说，在后来的校改者改动之前没有。他发现，所有古代译本都以‘那位’或‘那’为前提。他发现，四世纪后期以前，没有一位教会作家引用‘神’这个读法。1881年的英文修订本和1901年的美国标准译本读作“那位在肉身显现的”。大多数现代《圣经》依从它们。
关于提摩太前书3:16，他的结论是：‘那位’（hos）是原始读法。八、九世纪以前的大写抄本，没有一部的原笔支持‘神’（theos）；所有古代译本都以‘那位’或‘那’为前提；四世纪最后三分之一以前，没有一位教会作家证实‘神’这个读法。‘神’的出现，要么是误读了希腊字母，要么是有意的改动。他指出，‘神’是后来绝大多数希腊文抄本（拜占庭文本）的读法。
英文修订本（1881）和美国标准译本（1901）都属于公有领域，都依从较古老的抄本。两者这一句都以“那位在肉身显现的”开头，而且都没有‘神’这个词。
大多数现代译本这一句以‘他’或‘那位’开头，而不是‘神’：RSV 和 ESV（“他在肉身显现”），NRSV（“他在肉身显明”），NASB（“那位在肉身显明的”），以及 NIV（1984年版作“他在身体里显现”，2011年版作“他在肉身显现”）。新英王钦定本（NKJV）保留了‘神’。
一笔之差
早期希腊文抄本用大写字母书写，抄写者会把神圣的名称缩写。‘神’写作ΘΣ，上面加一条横线；‘那位’写作ΟΣ。在第一个字母里加上一小笔，再在上面加一条横线，‘那位’就变成了‘神’。学者们的结论是，后来的读法就是这样产生的，或出于意外，或出于有意。
关于提摩太前书3:16，他的结论是：‘那位’（hos）是原始读法。八、九世纪以前的大写抄本，没有一部的原笔支持‘神’（theos）；所有古代译本都以‘那位’或‘那’为前提；四世纪最后三分之一以前，没有一位教会作家证实‘神’这个读法。‘神’的出现，要么是误读了希腊字母，要么是有意的改动。他指出，‘神’是后来绝大多数希腊文抄本（拜占庭文本）的读法。
以提摩太前书3:16作为抄写者改动经文的一个例子：在希腊文抄本中，‘那位’（ΟΣ）和‘神’的缩写形式（ΘΣ）只差几笔小划，后来的抄本就读成了‘神’。他还讲述了十八世纪学者 J. J. 韦特斯坦的发现：亚历山大抄本原本读作‘那位’。
同一封书信对神和耶稣怎么说
提摩太前书在别处说得很明白。它说只有一位神，在神和人中间，只有一位中保，“就是那人基督耶稣”。它说神是不死的、不能看见的，没有人看见过他，也没有人能看见他。而许多人看见过耶稣。在《新约》福音书之一的马可福音中，耶稣亲自回答一个称他为良善的人：除了神一位之外，再没有良善的。
“因为只有一位神，在神和人中间，只有一位中保，就是那人基督耶稣；”
“但愿尊贵、荣耀归与永世的君王，就是那不能朽坏、不能看见、独一智慧的神，直到永永远远。阿们！”
“就是那独一不死、住在人不能靠近的光里，是人未曾看见、也是不能看见的，要将尊贵和永远的权能归给他。阿们！”
“耶稣对他说：你为什么称我是良善的？除了神一位之外，再没有良善的。”
《古兰经》对被改动的经典怎么说
《古兰经》警告那些亲手写经、然后说它出自真主(﷾)的人。提摩太前书 3:16这节经文，显示了《圣经》经文在抄写中被改动的一处地方。或出于失误，或出于有意，一笔就把‘神’这个词放进了一节经文，而数以百万计的人随后把它当作上帝的话来读。一些基督徒至今仍引用它作为证据。伊斯兰教教导说，耶稣是一个人，是真主(﷾)的使者。
“哀哉！他们亲手写经，然后说：“这是安拉所降示的。”他们欲借此换取些微的代价。哀哉！他们亲手所写的。哀哉！他们自己所营谋的。”
逐节对照
提摩太前书 3:16 — 第3章，第16节
“大哉，敬虔的奥秘！无人不以为然：就是神在肉身显现，在圣灵里称义，被天使看见，被传于外邦，被世人信服，被接在荣耀里。”
引用目的
“神在肉身显现”是绝大多数希腊文抄本的读法，所以它是真实的经文。
回应
数抄本的数量并不是检验的标准，因为最早的证据指向另一边。八、九世纪以前用大写字母写成的抄本，没有一部在原笔中读作‘神’。所有古代译本都以‘那位’或‘那’为前提。四世纪后期以前，没有一位教会作家引用‘神’。许多较晚抄本重复的一种读法，仍然只是一种读法。
结论 — 最早的证据读作‘那位’，所以这节经文并没有称耶稣为神。
提摩太前书3:16在英文修订本（1881）和美国标准译本（1901）中的译文
英文修订本（1881）和美国标准译本（1901）都属于公有领域，都依从较古老的抄本。两者这一句都以“那位在肉身显现的”开头，而且都没有‘神’这个词。
引用目的
即使读作‘那位’，这节经文仍然描述了圣子的道成肉身。
回应
读作‘那位’，这节经文就不再称耶稣为神了。‘显现’一词本身并不表示他先前就存在。请比较彼得前书 1:20，它说基督“是在创世以前预先被定的，却在这末世才为你们显现”。而提摩太前书 3:16本身说的是一位在肉身显现、被看见、被传扬、被接在荣耀里的人。提摩太前书在别处称他为“那人基督耶稣”。它还说没有人看见过神。
结论 — 没有‘神’这个词，这节经文就不是证据经文，而这封书信本身把神和那人基督耶稣区分开来。
不同观点
英王钦定本的捍卫者
“神在肉身显现”是真实的经文。这是现存大多数希腊文抄本的读法，它明白地说出了道成肉身。
现存大多数提摩太前书希腊文抄本在3:16读作‘神’。
反驳
就算现存大多数希腊文抄本读作‘神’，但数抄本的数量并不是检验的标准。最早的抄本和古代译本都指向‘那位’，而四世纪后期以前，没有一位教会作家引用‘神’。
英王钦定本的读法“神在肉身显现”是原文，它教导耶稣是上帝。
反驳
最古老的证据读作‘那位’，所以按证据来看，英王钦定本的措辞不是原文。同一封书信说，只有一位神，“在神和人中间，只有一位中保，就是那人基督耶稣”。它还说没有人看见过神，然而许多人看见过耶稣。
伊斯兰的观点
耶稣是一个人，是真主(﷾)的使者。提摩太前书中似乎称他为神的那一节经文，只有在较晚的抄本中才这样说。这封书信本身的教导是：独一的神，以及那人基督耶稣。
最早的抄本和古代译本支持‘那位’，而四世纪后期以前，没有一位教会作家引用‘神’。
英文修订本、美国标准译本和大多数现代《圣经》读作‘他’或‘那位’，而不是‘神’。
在早期希腊文抄本中，这两种读法只差一两笔。
同一封书信称耶稣为“那人基督耶稣”，是独一的神和人之间的中保。
同一封书信说，神是不死的、不能看见的，没有人看见过他，也没有人能看见他。
《古兰经》教导说，有人亲手写经，却称它是真主的话。