簡短回答
只有英王欽定本（KJV），以及依從較晚希臘文抄本嘅《聖經》噉樣話，其中包括新英王欽定本同世界英文聖經（WEB）。最古老嘅希臘文抄本同所有早期譯本讀作『那位』或『那』，而唔係『神』：「那位在肉身顯現的」。大多數現代《聖經》依從佢哋。喺早期希臘文書寫中，呢兩個詞睇落幾乎一樣，只差一兩筆。所以，一次抄寫失誤或一個選擇，就可能決定呢節經文係咪稱耶穌為神。同一封書信話，只有一位神，「在神和人中間，只有一位中保，就是那人基督耶穌」。佢仲話，冇人見到過神，都冇人能見到佢。好多人見到過耶穌，所以呢封書信將神同耶穌分開。伊斯蘭教教導話，耶穌係一個人，係真主(﷾)嘅使者。
完整解釋
基督徒點解引用呢節經文
喺英王欽定本（KJV）中，提摩太前書 3:16寫道：「就是神在肉身顯現」。『顯現』嘅意思係公開顯明。長期以來，基督徒將呢句話看作耶穌係成咗人嘅上帝嘅最明白嘅陳述之一。
“大哉，敬虔的奧秘！無人不以為然：就是神在肉身顯現，在聖靈裏稱義，被天使看見，被傳於外邦，被世人信服，被接在榮耀裏。”
最古老嘅抄本點説
布魯斯·梅茨格係二十世紀嘅學者，佢寫咗關於《新約》希臘文本嘅權威指南。佢發現，八、九世紀以前用大寫字母寫成嘅希臘文抄本，冇一部喺原筆中讀作『神』，即係話，喺後來嘅校改者改動之前冇。佢發現，所有古代譯本都以『那位』或『那』為前提。佢發現，四世紀後期以前，冇一位教會作家引用『神』呢個讀法。1881年嘅英文修訂本同1901年嘅美國標準譯本讀作「那位在肉身顯現的」。大多數現代《聖經》依從佢哋。
關於提摩太前書3:16，他的結論是：『那位』（hos）是原始讀法。八、九世紀以前的大寫抄本，沒有一部的原筆支持『神』（theos）；所有古代譯本都以『那位』或『那』為前提；四世紀最後三分之一以前，沒有一位教會作家證實『神』這個讀法。『神』的出現，要麼是誤讀了希臘字母，要麼是有意的改動。他指出，『神』是後來絕大多數希臘文抄本（拜占庭文本）的讀法。
英文修訂本（1881）和美國標準譯本（1901）都屬於公有領域，都依從較古老的抄本。兩者這一句都以「那位在肉身顯現的」開頭，而且都沒有『神』這個詞。
大多數現代譯本這一句以『他』或『那位』開頭，而不是『神』：RSV 和 ESV（「他在肉身顯現」），NRSV（「他在肉身顯明」），NASB（「那位在肉身顯明的」），以及 NIV（1984年版作「他在身體裏顯現」，2011年版作「他在肉身顯現」）。新英王欽定本（NKJV）保留了『神』。
| 文本 | 呢一句 |
|---|---|
| 英王欽定本、新英王欽定本 | 「神在肉身顯現」 |
| 最古老嘅希臘文抄本、所有古代譯本 | 「那位」或「那」 |
| 英文修訂本1881年、美國標準譯本1901年 | 「那位在肉身顯現的」 |
| 大多數現代譯本 | 「他」或「那位」 |
一筆之差
早期希臘文抄本用大寫字母書寫，抄寫者會將神聖嘅名稱縮寫。『神』寫作ΘΣ，上面加一條橫線；『那位』寫作ΟΣ。喺第一個字母里加上一小筆，再喺上面加一條橫線，『那位』就變成咗『神』。學者們嘅結論係，後來嘅讀法就係噉樣產生嘅，或出於意外，或出於有意。
關於提摩太前書3:16，他的結論是：『那位』（hos）是原始讀法。八、九世紀以前的大寫抄本，沒有一部的原筆支持『神』（theos）；所有古代譯本都以『那位』或『那』為前提；四世紀最後三分之一以前，沒有一位教會作家證實『神』這個讀法。『神』的出現，要麼是誤讀了希臘字母，要麼是有意的改動。他指出，『神』是後來絕大多數希臘文抄本（拜占庭文本）的讀法。
以提摩太前書3:16作為抄寫者改動經文的一個例子：在希臘文抄本中，『那位』（ΟΣ）和『神』的縮寫形式（ΘΣ）只差幾筆小劃，後來的抄本就讀成了『神』。他還講述了十八世紀學者 J. J. 韋特斯坦的發現：亞歷山大抄本原本讀作『那位』。
「那位」寫作ΟΣ
「神」縮寫為ΘΣ，上面加一橫
喺裏面加一小筆，上面加一橫
「那位」就變成咗「神」。
同一封書信對神同耶穌點説
提摩太前書喺別處講得好明白。佢講只有一位神，喺神同人中間，只有一位中保，「就是那人基督耶穌」。佢話神係不死嘅、唔能夠見到嘅，冇人見到過佢，都冇人能見到佢。而好多人見到過耶穌。喺《新約》福音書之一嘅馬可福音中，耶穌親自回答一個稱佢為良善嘅人：除咗神一位之外，再冇良善嘅。
“因為只有一位神，在神和人中間，只有一位中保，就是那人基督耶穌；”
“但願尊貴、榮耀歸與永世的君王，就是那不能朽壞、不能看見、獨一智慧的神，直到永永遠遠。阿們！”
“就是那獨一不死、住在人不能靠近的光裏，是人未曾看見、也是不能看見的，要將尊貴和永遠的權能歸給他。阿們！”
“耶穌對他説：你為什麼稱我是良善的？除了神一位之外，再沒有良善的。”
《古蘭經》對被改動嘅經典點説
《古蘭經》警告嗰啲親手寫經、然後話佢出自真主(﷾)嘅人。提摩太前書 3:16呢節經文，顯示咗《聖經》經文喺抄寫中被改動嘅一處地方。或出於失誤，或出於有意，一筆就將『神』呢個詞放進咗一節經文，而數以百萬計嘅人隨後將佢當作上帝嘅話來讀。一啲基督徒至今仍引用佢作為證據。伊斯蘭教教導話，耶穌係一個人，係真主(﷾)嘅使者。
“哀哉！他們親手寫經，然後説：「這是安拉所降示的。」他們欲藉此換取些微的代價。哀哉！他們親手所寫的。哀哉！他們自己所營謀的。”
逐節對照
提摩太前書 3:16 — 第3章，第16節
“大哉，敬虔的奧秘！無人不以為然：就是神在肉身顯現，在聖靈裏稱義，被天使看見，被傳於外邦，被世人信服，被接在榮耀裏。”
引用目的
「神在肉身顯現」係絕大多數希臘文抄本嘅讀法，所以佢係真實嘅經文。
回應
數抄本嘅數量並唔係檢驗嘅標準，因為最早嘅證據指向另一邊。八、九世紀以前用大寫字母寫成嘅抄本，冇一部喺原筆中讀作『神』。所有古代譯本都以『那位』或『那』為前提。四世紀後期以前，冇一位教會作家引用『神』。好多較晚抄本重複嘅一種讀法，仍然只係一種讀法。
結論 — 最早嘅證據讀作『那位』，所以呢節經文並冇稱耶穌為神。
提摩太前書3:16在英文修訂本（1881）和美國標準譯本（1901）中的譯文
英文修訂本（1881）和美國標準譯本（1901）都屬於公有領域，都依從較古老的抄本。兩者這一句都以「那位在肉身顯現的」開頭，而且都沒有『神』這個詞。
引用目的
即使讀作『那位』，呢節經文仍然描述咗聖子嘅道成肉身。
回應
讀作『那位』，呢節經文就唔再稱耶穌為神喇。『顯現』一詞本身並唔表示佢先前就存在。請比較彼得前書 1:20，佢講基督「是在創世以前預先被定的，卻在這末世才為你們顯現」。而提摩太前書 3:16本身講嘅係一位喺肉身顯現、被見到、被傳揚、被接喺榮耀裏嘅人。提摩太前書喺別處稱佢為「那人基督耶穌」。佢仲話冇人見到過神。
結論 — 冇『神』呢個詞，呢節經文就唔係證據經文，而呢封書信本身將神同嗰個人基督耶穌區分開來。
唔同觀點
英王欽定本嘅捍衞者
「神在肉身顯現」係真實嘅經文。呢個係現存大多數希臘文抄本嘅讀法，佢明白地講出咗道成肉身。
現存大多數提摩太前書希臘文抄本喺3:16讀作『神』。
反駁
就算現存大多數希臘文抄本讀作『神』，但數抄本嘅數量並唔係檢驗嘅標準。最早嘅抄本同古代譯本都指向『那位』，而四世紀後期以前，冇一位教會作家引用『神』。
英王欽定本嘅讀法「神在肉身顯現」係原文，佢教導耶穌係上帝。
反駁
最古老嘅證據讀作『那位』，所以按證據來睇，英王欽定本嘅措辭唔係原文。同一封書信話，只有一位神，「在神和人中間，只有一位中保，就是那人基督耶穌」。佢仲話冇人見到過神，然而好多人見到過耶穌。
伊斯蘭嘅觀點
耶穌係一個人，係真主(﷾)嘅使者。提摩太前書中似乎稱佢為神嘅嗰一節經文，只有喺較晚嘅抄本中才噉樣講。呢封書信本身嘅教導係：獨一嘅神，以及嗰個人基督耶穌。
最早嘅抄本同古代譯本支持『那位』，而四世紀後期以前，冇一位教會作家引用『神』。
英文修訂本、美國標準譯本同大多數現代《聖經》讀作『他』或『那位』，而唔係『神』。
喺早期希臘文抄本中，呢兩種讀法只差一兩筆。
同一封書信稱耶穌為「那人基督耶穌」，係獨一嘅神同人之間嘅中保。
同一封書信話，神係不死嘅、唔能夠見到嘅，冇人見到過佢，都冇人能見到佢。
《古蘭經》教導話，有人親手寫經，卻稱佢係真主(﷾)嘅話。